La Révolution a bouleversé l'organisation du territoire français. Le 22 décembre 1789, l'Assemblée constituante crée 83 départements, dont le Puy-de-Dôme. Clermont-Ferrand en devient le chef-lieu. Le 20 avril 1791 est composée la première administration départementale, avec 36 membres élus au scrutin censitaire. Le président est Cuel de Vic-le-Comte. Mais l'Empire, qui souhaite renforcer la centralisation, crée l'institution préfectorale, avec un préfet détenteur de l'exécutif dans le département : le premier sera Ramey de Sugny. L'Assemblée départementale, élue au suffrage universel, perd un tiers de son effectif. Le département comprend cinq arrondissements (Ambert, Clermont, Issoire, Riom et Thiers) placés sous l'autorité de sous-préfets.
En 1923, est inaugurée la nouvelle préfecture : elle abrite l'administration préfectorale et le Conseil général. Depuis 1982, le Conseil général du Puy-de-Dôme est une collectivité territoriale, au même titre que les communes et les régions. Selon l'article 72 - titre XII, "ces collectivités s'administrent librement par des conseils élus". En effet, la loi Deferre sur la décentralisation a renforcé les pouvoirs des conseils généraux ; désormais, le président du Conseil général détient l'exécutif de l'Assemblée et les services acquièrent plus d'autonomie. En juillet 1991, le Conseil général du Puy-de-Dôme quitte les locaux qu'il occupait dans le bâtiment de la préfecture pour s'installer dans l'actuel hôtel du Département.

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La chapelle des CordeliersLa chapelle des Cordeliers, propriété actuelle du Conseil général, abritait la première assemblée départementale en 1791. Elle deviendra préfecture le 24 juillet 1801 et sera rapidement agrandie par l'ajout de nouveaux bâtiments.
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